Desde la tercera generación, estrenada por Pokémon Edición Rubí y Zafiro, se introdujo un novedosos concepto, las habilidades. Cada Pokémon que te encuentres a partir de esta generación dispone de una habilidad única.
Cuando un Pokémon tiene una habilidad, esta no puede cambiarse. Nace con ella y la conserva para siempre, y únicamente los Pokémon pueden cambiar de habilidad evolucionando en otra especie.

Actualmente los 649 Pokémon existentes disponen de al menos una habilidad que les dará un poder en combate normalmente, aunque algunas habilidades también son de gran ayuda fuera de combate.
La actual HabilidadDex incluye el listado de las Habilidades Secretas, introducidas en Pokémon Edición Blanca y Negra, y que únicamente se pueden obtener mediante el Pokémon DreamWorld, así como si estas están disponibles o no en los Pokémon que las pueden poseer.